由于破產抵銷權具有優先權的性質，能夠使債權人得到優于清算分配的清償結果，如果不加限制，則可能被濫用，從而損害破產清算的秩序和多數債權人的正當權益。有鑒于此，破產法第40條具體規定了不適用破產抵銷的以下三種情形：
(1)債務人的債務人在破產申請受理后取得的他人對債務人的債權，不得用于抵銷。由于債權可自由轉讓，以十分低廉的價格購買對債務人的債權是很容易做到的。因此，存在著這樣一種可能性：對債務人財產負有債務的人低價收購債權，隨后通過破產抵銷來不正當地免除其對債務人的債務。有鑒于此，為了杜絕債務人的債務人通過廉價收購對債務人的債權而由破產抵銷免除債務的情況發生，凡承認破產抵銷的國家都規定，債務人的債務人在破產申請受理后受讓取得的他人對債務人的債權，不得用于抵銷。
(2)債權人已知債務人有不能清償到期債務或者破產申請的事實，而對債務人負擔債務的，不得抵銷。但是，債權人因為法律規定或者在破產申請1年前所發生的原因而負擔債務的除外。
債權人在得知其債務人出現破產原因甚至已經提出破產申請的情況后，通常的反應就是設法搶先獲得個別清償。但是，在多數國家，這時的個別清償是受禁止的。在這種情況下，如果法律對破產抵銷沒有限制，則債權人可以通過對債務人負債的方式取得債務人的財產。例如，按照市價賒購債務人的財產，從而形成對破產財產的債務，然后通過破產抵銷，免除這筆債務。這實際上是以實物形式使自己的破產債權搶先得到滿足，從而逃避破產程序。為了杜絕這種情況的發生，法律必須將這種債務排除于破產抵銷的范圍之外。因此，凡是已知債務人有不能清償到期債務或者破產申請的事實，而對破產人負擔債務的，必須如數清償，不得以其債權加以抵銷。但是，如果能夠證明債權人對債務人負擔債務是基于法律的規定或者破產申請1年前發生的原因，則可以認為該債權人負擔此債務時沒有通過破產抵銷獲得搶先滿足的惡意，因而不在法律禁止之列。
(3)債務人的債務人已知債務人有不能清償到期債務或者破產申請的事實，而對債務人取得的債權，不得抵銷。但是，債務人的債務人因為法律規定或者有破產申請1年前所發生的原因而取得債權的除外。
債務人的債務人以取得（通常為受讓取得）對債務人的債權來使自己免除對破產財產的給付義務，其行為性質與上述情形相同，故不得用于抵銷。但是，取得債權有法律規定的正當原因的不在此限，其理由也與上相同。
至于債務人的債務人已知債務人有不能清償到期債務或者破產申請的事實，直接與債務人交易而取得的債權，如果該交易有惡意串通、顯失公平等無效或可撤銷事由，則除了不得適用破產抵銷外，該債權還可適用無效或可撤銷的規定，喪失破產債權的地位。
