破產抵銷權的行使，不僅關系到破產抵銷權人的利益，而且關系到破產財產及全體破產債權人的利益，因此，應當遵守以下規則。
(1)破產抵銷權的行使，應以管理人為對象，以意思表示為之。破產抵銷權的行使應以抵銷的單方意思表示為之。這種意思表示，應向特定的對象作出。這一特定對象就是破產管理人。債權人向管理人提出破產抵銷的主張，經管理人承認，始發生抵銷的效果。具體來說，①抵銷的意思表示必須是明示的，并且必須送達管理人。②抵銷的單方意思表示的生效雖不以管理人的同意為條件，但受到管理人否認的意思表示的阻卻。這種否認表示可以是直接的，也可以是間接的。例如，債權人作出抵銷的表示后，管理人對其發出履行債務的催告。這種催告意味著不承認此債務已經因抵銷而消滅。在這種情況下，該破產債權人可以以破產抵銷權作為拒絕履行的抗辯。由此引起的爭議，可以向人民法院提起訴訟。
(2)破產抵銷權的行使，應以債權申報為必要。破產抵銷是債權人行使權利的一種特殊方式。債權申報是債權人參加破產程序的必要條件。因此，債權人只有在申報債權以后，才取得受破產法保護的地位。只有取得了破產法上的受保護地位，才有權對債務人財產提出種種權利請求。
債權申報的重要意義之一，就是使所有對債務人財產提出的請求，都經過債權人會議的審查和確認。通過這種集體審查程序，可以保證請求權的真實性和準確性，從而防止利用虛假債權侵蝕債務人財產從而損害全體債權人利益的情況發生。因此，未依法申報的債權，其真實性、準確性未經過債權人會議審查確認的，不能發生抵銷的效力。
債權人行使抵銷權，應當以通知方式向管理人提出主張。管理人收到債權人的抵銷通知后，經審查無異議的，抵銷通知送達之日起生效。管理人對抵銷主張有異議的，應當在約定的異議期限內或者自收到主張債務抵銷的通知之日起3個月內向人民法院提起訴訟；管理人無正當理由逾期提起訴訟的，或者其訴訟請求被人民法院駁回的，抵銷自主張抵銷的通知送達之日起生效。
