公務員履行公職期問的管理制度主要有考核、獎勵、懲戒、職務任免和職務升降、培訓、交流與回避等。職務任免上面已經提到，這里不再討論。
1．考核。它是對公務員履行職務情況進行考察核查并且作出評價的活動。主要事項有考核的作用、考核的內容、考核的程序等。考核的作用，是為公務員調整職務、級別和工資以及公務員獎勵、培訓、辭退提供依據。考核的內容，有德、能、勤、績四個方面，其中重點是考核工作業績。考核分為平時考核與定期考核，定期考核以平時考核為基礎。考核的程序，對非領導成員的公務員的定期考核采取年度考核的方式，先由個人按照職位職責和有關要求進行總結，主管領導人員在聽取群眾意見后提出考核等次建議，由本機關負責人或者授權的委員會確定考核等次。對領導成員的定期考核，由主管機關按照有關規定辦理。定期考核的結果分為優秀、稱職、基本稱職和不稱職四個等次。定期考核的結果應當以書面形式通知公務員本人。
2．獎勵。它是對工作表現突出，有顯著成績和貢獻，或者有其他突出事跡的公務員或者公務員集體的褒獎和鼓勵。主要事項有獎勵原則、獎勵種類、獎勵程序和撤銷獎勵。獎勵的原則，是精神鼓勵與物質鼓勵相結合，以精神獎勵為主的原則。獎勵的種類有：嘉獎、記三等功、記二等功、記一等功、授予榮譽稱號；給予公務員或者公務員集體獎勵，按照規定的權限和程序決定或者審批。公務員或者公務員集體有以下情形之一的應當撤銷獎勵：弄虛作假，騙取獎勵的；申報獎勵時隱瞞嚴重錯誤或者嚴重違反規定程序的；法律法規規定應當撤銷獎勵的其他情形。
3．懲戒。它是指對違反法律和紀律應當承擔紀律責任的公務員所給予的處分。除了刑事處罰以外，處分是保障公務紀律、維護國家公共管理秩序和限制剝奪公務員權利的最重要手段。公務員法的頒布實施，替代了自1957年以來長期適用的經過全國人大常委會批準國務院公布的《國務院關于國家行政機關工作人員的獎懲暫行規定》，極大地推進了公務員處分法治化程序化進程。
(1)處分的種類和程序。處分的種類：警告、記過、記大過、降級、撤職、開除。處分程序，是由處分決定機關決定對公務員違紀的情況進行調查，并將調查認定的事實及擬給予處分的依據告知公務員本人。公務員有權進行陳述和申辯。處分決定機關認為對公務員應當給予處分的，應當在規定的期限內，按照管理權限和規定的程序作出處分決定。處分決定應當以書面形式通知公務員本人。
(2)處分的合法要件和處分的適用。處分決定的合法要件，是事實清楚、證據確鑿、定性準確、處理適當、程序合法、手續完備。對違紀行為情節輕微，經過批評教育后改正的，可以免予行政處分。公務員受開除以外的處分，在受處分期間有悔改表現，并且沒有再發生違紀行為的，處分期滿后由處分決定機關解除處分并以書面形式通知本人。
(3)禁止性紀律和反對上級錯誤權。公務員法第53條規定了禁止公務員從事的15項行為，對公務員個人的違法意愿表達行為和其他不符合公職要求的行為進行了嚴格禁止，違反者將受到紀律處分。
反對上級錯誤權包括公務員對錯誤決定命令的建議權和執行明顯違法決定命令的法律責任。公務員在執行公務時，認為上級的決定或者命令有錯誤的，可以向上級提出改正或者撤銷該決定或者命令的意見；上級不改變該決定或者命令，或者要求立即執行的，公務員應當執行該決定或者命令，執行后果由上級負責，公務員不承擔責任；但是，公務員執行明顯違法的決定或者命令的，應當依法承擔相應的責任。
(4)行政機關公務員處分。2007年由國務院頒布的《行政機關公務員處分條例》，對行政機關公務員的處分作出更為具體、詳細的規定。
第一，對行政機關公務員處分的設定。一是只有法律、法規、規章以及國務院決定有權設定行政機關公務員處分事項，行政機關不得以其他形式設定行政機關公務員處分事項。二是行政機關公務員違反法律、法規、規章以及行政機關的決定和命令，應當承擔紀律責任的，依照《行政機關公務員處分條例》給予處分。三是法律、其他行政法規、國務院決定對行政機關公務員處分有規定的，依照該法律、行政法規、國務院決定的規定執行；法律、其他行政法規、國務院決定對行政機關公務員應當受到處分的違法違紀行為作了規定，但是未對處分幅度作規定的，適用《行政機關公務員處分條例》第三章與其最相類似的條款有關處分幅度的規定。四是地方性法規、部門規章、地方政府規章可以補充規定《行政機關公務員處分條例》第三章未作規定的應當給予處分的違法違紀行為以及相應的處分幅度。除國務院監察機關、國務院人事部門外，國務院其他部門制定處分規章，應當與國務院監察機關、國務院人事部門聯合制定。
第二，行政機關公務員處分的適用。除公務員法的要求外，《行政機關公務員處分條例》還對合并處分、從重處分、從輕處分、減輕處分和免予處分等適用問題作出了規定。行政機關公務員同時有兩種以上需要給予處分的行為的，應當分別確定其處分。應當給予的處分種類不同的，執行其中最重的處分；應當給予撤職以下多個相同種類處分的，執行該處分，并在一個處分期以上、多個處分期之和以下，決定處分期。行政機關公務員在受處分期間受到新的處分的，其處分期為原處分期尚未執行的期限與新處分期限之和。處分期最長不得超過48個月。遇有行政機關公務員在2人以上的共同違法違紀行為中起主要作用，隱匿、偽造、銷毀證據，串供或者阻止他人揭發檢舉、提供證據材料，包庇同案人員和法律、法規、規章規定的其他從重情節這些情形之一的，應當對行政機關公務員從重處分。相反，遇有行政機關公務員主動交代違法違紀行為，主動采取措施并有效避免或者挽回損失，檢舉他人重大違法違紀行為且情況屬實這些情形之一的，應當對行政機關公務員從輕處分。同時，遇有行政機關公務員主動交代違法違紀行為，并主動采取措施有效避免或者挽回損失的，應當減輕處分；行政機關公務員違紀行為情節輕微，經過批評教育后改正的，可以免予處分。
第三，行政機關公務員違法違紀行為及其適用的處分。《行政機關公務員處分條例》第三章規定了行政機關公務員具體違法違紀行為的法律特征和形態，并規定了從事這些行為受到的處分種類和幅度。
第四，行政機關公務員處分的權限。對行政機關公務員給予處分，由任免機關或者監察機關承擔，處分的權限根據管理權限確定。具體為：一是對經全國人大及其常委會決定任命的國務院組成人員給予處分，由國務院決定。其中，擬給予撤職、開除處分的，由國務院向全國人大提出罷免建議，或者向全國人大常委會提出免職建議。罷免或者免職前，國務院可以決定暫停其履行職務。二是對經地方各級人大及其常委會選舉或者決定任命的地方各級人民政府領導人員給予處分，由上一級人民政府決定。擬給予經縣級以上地方人大及其常委會選舉或者決定任命的縣級以上地方人民政府領導人員撤職、開除處分的，應當先由本級人民政府向同級人大提出罷免建議。其中，擬給予縣級以上地方人民政府副職領導人員撤職、開除處分的，也可以向同級人大常委會提出撤銷職務的建議。擬給予鄉鎮人民政府領導人員撤職、開除處分的，應當先由本級人民政府向同級人大提出罷免建議。罷免或者撤銷職務前，上級人民政府可以決定暫停其履行職務；遇有特殊緊急情況，省級以上人民政府認為必要時，也可以對其作出撤職或者開除的處分，同時報告同級人大常委會，并通報下級人大常委會。三是對地方各級人民政府工作部門正職領導人員給予處分，由本級人民政府決定。其中，擬給予撤職、開除處分的，由本級人民政府向同級人大常委會提出免職建議。免去職務前，本級人民政府或者上級人民政府可以決定暫停其履行職務。
此外，《行政機關公務員處分條例》還對處分的程序，尤其是任免機關辦理處分的程序，以及對處分不服提出申訴等事項作出了規定。
4．職務升降。它指公務員職務的晉升和降低。職務晉升是對公務員職務的向上調整。公務員職務晉升的標準，是具備擬任職務所要求的思想政治素質、工作能力、文化程度和任職經歷等方面的條件和資格。公務員晉升職務的程序，應當按照公務員法第44條的規定進行，并且應當實行任職前公示制度和任職適用期制度。降職是公務員職務的向下調整。降職的條件，是在定期考核中被確定為不稱職的，按照規定程序降低一個職務層次任職。
5．培訓。培訓是使公務員適應工作職責和素質需要的培養訓練制度，公務員培訓情況和學習成績是公務員考核的內容和任職、晉升的依據之一，參加培訓是公務員的基本權利之一。國家采取分級分類的公務員培訓措施，包括公務員初任培訓、任職培訓、專業培訓和在職培訓等。
6．職務交流和回避。
(1)職務交流。國家實行公務員交流制度，交流方式包括調任、轉任和掛職鍛煉。調任是國有企業事業單位、人民團體和群眾團體中從事公務的人員調入機關擔任領導職務或者副調研員以上及其他相當職務層次的非領導職務。轉任是公務員在不同職位、不同地區、不同部門之間的職務變動。掛職鍛煉是以培養鍛煉為目的選派公務員到下級或者上級機關、其他地區機關以及國有企業事業單位擔任職務。公務員應當服從機關的交流決定。
(2)回避。回避是為保證公正履行公務，限制公務員任職和執行公務條件的制度。回避分為任職回避和執行公務回避，公務員法第68-70條分別規定了應當實行回避的情形。公務員有應當回避情形的，本人應當申請回避，利害關系人有權申請公務員回避。其他人員可以向機關提供公務員需要回避的情況。機關根據公務員本人或者利害關系人的申請，經審查后作出是否回避的決定，也可以不經申請直接作出回避決定。
