反補貼條例規定，對商務部作出的終裁決定不服的，對依照該條例作出的是否征收反補貼稅的決定以及追溯征收的決定不服的，或者對依照該條例作出的復審決定不服的，可以依法申請行政復議，也可以依法向人民法院提起訴訟。
人民法院依法受理對下列反補貼行政行為提起的行政訴訟：有關補貼及補貼金額、損害及損害程度的終裁決定；有關是否征收反補貼稅以及追溯征收的決定；有關保留、修改或者取消反補貼稅以及承諾的復審決定；依照法律、行政法規規定可以起訴的其他反補貼行政行為。與反補貼行政行為具有法律上利害關系的個人或組織為利害關系人，可以依照行政訴訟法及其他有關法律、行政法規的規定，向人民法院提起行政訴訟。利害關系人，指向國務院主管機關提出反補貼調查書面申請的申請人，有關出口經營者和進口經營者及其他具有法律上利害關系的自然人、法人或者其他組織。反補則行政案件的被告，應當是相應被訴反補貼行政行為的國務院主管部門。一審反補貼案件由下列人民法院管轄：被告所在地高級人民法院指定的中級人民法院；被告所在地高級人民法院。
人民法院依照行政訴訟法及其他有關反補貼的法律、行政法規，參照國務院部門規章，對被訴反補貼行政行為的事實問題和法律問題，進行合法性審查。原告對其主張的事實有責任提供證據。被告對其作出的被訴反補貼行政行為負舉證責任，應當提供作出反補貼行政行為的證據和所依據的規范性文件。人民法院依據被告的案卷記錄審查被訴反補貼行政行為的合法性。被告在作出被訴反補貼行政行為時沒有記入案卷的事實材料，不能作為認定該行為合法的根據。
人民法院審理反補貼行政案件，根據不同情況，分別作出以下判決：(1)被訴反補貼行政行為證據確鑿，適用法律、行政法規正確，符合法定程序的，判決維持。(2)被訴反補貼行政行為有下列情形之一的，判決撤銷或者部分撤銷，并可以判決被告重新作出反補貼行政行為：①主要證據不足的；②適用法律、行政法規錯誤的；③違反法定程序的；④超越職權的；⑤濫用職權的。(3)依照法律或者司法解釋的規定作出的其他判決。
