國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)，根據(jù)職能分為國(guó)務(wù)院辦公廳、國(guó)務(wù)院組成部門(mén)、國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)、國(guó)務(wù)院辦事機(jī)構(gòu)、國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)和國(guó)務(wù)院議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)。憲法、國(guó)務(wù)院組織法和1997年國(guó)務(wù)院發(fā)布的《國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)設(shè)置和編制管理?xiàng)l例》，是目前關(guān)于國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)設(shè)置和編制管理的主要依據(jù)。除了行政機(jī)構(gòu)外，國(guó)務(wù)院還設(shè)有事業(yè)單位和特設(shè)機(jī)構(gòu)。
（一）國(guó)務(wù)院辦公廳
國(guó)務(wù)院辦公廳，是協(xié)助國(guó)務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)處理國(guó)務(wù)院日常工作的機(jī)構(gòu)。依據(jù)國(guó)務(wù)院組織法的規(guī)定，國(guó)務(wù)院設(shè)立辦公廳，由國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)領(lǐng)導(dǎo)。
（二）國(guó)務(wù)院組成部門(mén)
國(guó)務(wù)院組成部門(mén)，是國(guó)務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)下主管特定國(guó)家行政事務(wù)的行政機(jī)構(gòu)，依法分別履行國(guó)務(wù)院的基本行政管理職能。它包括各部、各委員會(huì)、中國(guó)人民銀行和國(guó)家審計(jì)署。國(guó)務(wù)院組成部門(mén)的設(shè)立、撤銷(xiāo)或者合并，由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)提出方案，經(jīng)國(guó)務(wù)院常務(wù)會(huì)議討論通過(guò)后，由國(guó)務(wù)院總理提請(qǐng)全國(guó)人民代表大會(huì)決定。在全國(guó)人民代表大會(huì)閉會(huì)期間，提請(qǐng)全國(guó)人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)決定。．
國(guó)務(wù)院組成部門(mén)實(shí)行部長(zhǎng)、主任和審計(jì)長(zhǎng)、行長(zhǎng)負(fù)責(zé)制。國(guó)務(wù)院組成部門(mén)工作中的方針、政策、計(jì)劃和重大行政措施，應(yīng)向國(guó)務(wù)院請(qǐng)示報(bào)告，由國(guó)務(wù)院決定。根據(jù)法律和國(guó)務(wù)院的決定，國(guó)務(wù)院組成部門(mén)可以在本部門(mén)的權(quán)限內(nèi)發(fā)布命令、指示和規(guī)章。
（三）國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)和國(guó)務(wù)院辦事機(jī)構(gòu)
國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)，是國(guó)務(wù)院主管某項(xiàng)專(zhuān)門(mén)業(yè)務(wù)的行政機(jī)構(gòu)，具有獨(dú)立的行政管理職能。該類(lèi)機(jī)構(gòu)的設(shè)立、撤銷(xiāo)和合并，根據(jù)工作需要和精簡(jiǎn)的原則，由國(guó)務(wù)院決定。
國(guó)務(wù)院辦事機(jī)構(gòu)，是協(xié)助國(guó)務(wù)院總理辦理專(zhuān)門(mén)事項(xiàng)的行政機(jī)構(gòu)，不具有獨(dú)立的行政管理職能。它的設(shè)立、撤銷(xiāo)和合并由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理部門(mén)提出方案，報(bào)國(guó)務(wù)院決定。
（四）國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)
國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)，是由國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理，主管特定業(yè)務(wù)，行使行政管理職能的行政機(jī)構(gòu)。它的設(shè)立、撤銷(xiāo)和合并，由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理部門(mén)提出方案，報(bào)國(guó)務(wù)院決定。
國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)不是該主管部門(mén)的內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。國(guó)務(wù)院組成部門(mén)主要通過(guò)對(duì)它所管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)工作中的重大方針政策、工作部署等事項(xiàng)實(shí)施管理，并對(duì)國(guó)務(wù)院負(fù)責(zé)。
（五）國(guó)務(wù)院議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)
國(guó)務(wù)院議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)，是承擔(dān)國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)重要業(yè)務(wù)工作組織協(xié)調(diào)任務(wù)的行政機(jī)構(gòu)。它的設(shè)立、撤銷(xiāo)和合并由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理部門(mén)提出方案，報(bào)國(guó)務(wù)院決定。國(guó)務(wù)院議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)議定的事項(xiàng)，經(jīng)過(guò)國(guó)務(wù)院同意，由有關(guān)的行政機(jī)構(gòu)按照各自的職責(zé)負(fù)責(zé)辦理。在特殊或者緊急的情況下，經(jīng)過(guò)國(guó)務(wù)院同意，國(guó)務(wù)院議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)可以規(guī)定臨時(shí)性的行政管理措施。
（六）國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的職能調(diào)整和內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)
上述國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)設(shè)立后，需要對(duì)職能進(jìn)行調(diào)整的，由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理部門(mén)提出方案，報(bào)國(guó)務(wù)院決定。
國(guó)務(wù)院辦公廳、國(guó)務(wù)院組成部門(mén)、國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)、國(guó)務(wù)院辦事機(jī)構(gòu)在職能分解的基礎(chǔ)上設(shè)立司、處兩級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)；國(guó)務(wù)院組成部門(mén)管理的國(guó)家行政機(jī)構(gòu)根據(jù)工作需要可以設(shè)立司、處兩級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)，也可以只設(shè)立處級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。 國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的司級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)的增設(shè)、撤銷(xiāo)或者合并，經(jīng)國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)審核方案，報(bào)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)。增設(shè)國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的司級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)的方案，應(yīng)當(dāng)包括下列事項(xiàng)：(1)增設(shè)機(jī)構(gòu)的必要性；(2)增設(shè)機(jī)構(gòu)的名稱(chēng)和職能；(3)與業(yè)務(wù)相近的司級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)職能的劃分。國(guó)務(wù)院行政管理機(jī)構(gòu)的處級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)的設(shè)立、撤銷(xiāo)或者合并，由國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)根據(jù)國(guó)家有關(guān)規(guī)定決定，按年度報(bào)國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)備案。
（七）國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的編制管理
國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的編制，是對(duì)國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)人員的數(shù)量定額和領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)的管理制度。國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的編制確定原則，實(shí)行依據(jù)職能配置和職位分類(lèi)實(shí)行精簡(jiǎn)的原則。
國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)編制的確定，在國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)設(shè)立時(shí)進(jìn)行。編制方案的內(nèi)容是：(1)機(jī)構(gòu)人員定額和人員結(jié)構(gòu)比例；(2)機(jī)構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)和司級(jí)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)。
國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)編制的增加和減少，由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)審核方案，報(bào)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)。
國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)編制的監(jiān)督檢查，由國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)，對(duì)國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)的機(jī)構(gòu)設(shè)置和編制執(zhí)行情況行使監(jiān)督檢查權(quán)。國(guó)務(wù)院行政機(jī)構(gòu)有義務(wù)每年向國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)編制管理機(jī)關(guān)提供其機(jī)構(gòu)設(shè)置和編制管理情況的報(bào)告。
