根據(jù)刑事訴訟法第88條、第171條和第198條的規(guī)定，補充偵查在程序上有三種，即審查批捕時的補充偵查、審查起訴時的補充偵查和法庭審理時的補充偵查。
（一）審查批捕階段的補充偵查
根據(jù)刑事訴訟法第88條的規(guī)定，人民檢察院對于公安機關(guān)提請批準逮捕的案件進行審查后，應(yīng)當根據(jù)情況分別作出批準逮捕或者不批準逮捕的決定。對于批準逮捕的決定，公安機關(guān)應(yīng)當立即執(zhí)行，并且將執(zhí)行情況通知人民檢察院。對于不批準逮捕的，人民檢察院應(yīng)當說明理由，需要補充偵查的，應(yīng)當同時通知公安機關(guān)。
（二）審查起訴階段的補充偵查
1．補充偵查的形式。根據(jù)刑事訴訟法第171條第2款的規(guī)定，人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關(guān)補充偵查，也可以自行偵查。
2．補充偵查的期限和次數(shù)。根據(jù)刑事訴訟法第171條第3款的規(guī)定，對于補充偵查的案件，應(yīng)當在1個月以內(nèi)補充偵查完畢。補充偵查以兩次為限。這既指退回公安機關(guān)補充偵查的案件，也包括人民檢察院自偵案件中決定退回補充偵查的案件。
3．經(jīng)過一次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據(jù)不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴決定。如果案件經(jīng)過兩次補充偵查，仍然證據(jù)不足，不符合
起訴條件的，人民檢察院應(yīng)當作出不起訴決定。
（三）法庭審理階段的補充偵查
1．補充偵查的形式。(1)根據(jù)刑事訴訟法第198條的規(guī)定，在法庭審判過程中，檢察人員發(fā)現(xiàn)提起公訴的案件需要補充偵查，提出延期審理建議的，合議庭應(yīng)當同意。人民檢察院應(yīng)當自行偵查，必要時可以要求公安機關(guān)提供協(xié)助。根據(jù)最高人民法院《解釋》第223條的規(guī)定，對公訴人在庭審過程中發(fā)現(xiàn)案件需要補充偵查而提出延期審理建議的，合議庭應(yīng)當同意。但該建議以麗次為限。(2)根據(jù)最高人民法院《解釋》第226條的規(guī)定，合議庭在案件審理過程中，發(fā)現(xiàn)被告人可能有自首、立功等法定量刑情節(jié)，而起訴和移送的證據(jù)材料沒有這方面的證據(jù)材料的，應(yīng)當通知人民檢察院補充偵查。審判期間，被告人提出新的立功線索的，人民法院可以建議人民檢察院補充偵查。根據(jù)最高人民檢察院《規(guī)則》第460條的規(guī)定，人民檢察院應(yīng)當審查有關(guān)理由，并作出是否退回補充偵查的決定。人民檢察院不同意的，可以要求人民法院就起訴指控的犯罪事實依法作出裁判。
2．補充偵查的期限。根據(jù)刑事訴訟法第199條的規(guī)定，依照刑事訴訟法第198條第2項的規(guī)定延期審理的案件，人民檢察院應(yīng)當在1個月以內(nèi)補充偵查完畢。
