舉證責任的分配是法律按照一定的標準，規定應當由哪一方當事人對訴訟中的相關事實提供證據加以證明，否則就應承擔敗訴后果的問題。舉證責任的分配，是證據制度中十分重要的問題，關系到對當事人權益的保護和訴訟公平正義的實現。行政訴訟因其性質的特殊性，在舉證責任的分配方面也體現出獨特性。行政訴訟法第32條規定：被告對作出的具體行政行為負有舉證責任，應當提供作出該具體行政行為的證據和所依據的規范性文件。《行政證據規定》第6條進一步規定：原告可以提供證明被訴具體行政行為違法的證據。原告提供的證據不成立的，不免除被告對被訴具體行政行為合法性的舉證責任。因此，在我國，行政訴訟法確立了被告行政機關在行政訴訟中承擔主要舉證責任的基本原則，這使行政訴訟舉證責任的分配明顯區別于民事訴訟舉證責任的分配。根據我國民事訴訟法的規定，民事訴訟舉證責任的分配采用“誰主張，誰舉證”的規則。行政訴訟確立被告對被訴具體行政行為合法性負擔舉證責任的原則主要基于以下原因：
第一，由被告負擔舉證責任，是被告行政機關在行政程序中必須遵循“先取證、后裁決”規則的自然延伸。“先取證、后裁決”是行政機關在行使行政職權，作出具體行政行為過程中，必須遵循的基本規則。這一規則是行政機關行使職權必須“以事實為根據”的具體化，它要求行政機關在作出具體行政行為前，應當認真調查，充分收集證據，在證據充分、事實清楚的基礎上，正確適用法律，作出正確的行政行為。正因為有此要求，一旦行政機關作出的行政行為被訴，由作出該行為的被告負擔證明其具有合法性的責任，理所當然。
第二，由被告負擔舉證責任，有利于發揮行政機關的舉證優勢。行政訴訟審理的核心問題是被訴具體行政行為的合法性，該具體行政行為由被告作出，被告對該具體行政行為的證據最為了解；而且在作出具體行政行為過程中，被告行政機關居于主導地位，行政機關行使職權無須征得公民、法人或者其他組織同意，因此被告行政機關的舉證能力比原告要強，由被告負擔舉證責任體現了負擔公平原則，有利于保護公民、法人或者其他組織的訴權。
第三，由被告負擔舉證責任，有利于促進行政機關依法行政。要求被告行政機關對被訴具體行政行為合法性承擔舉證責任，事實上要求行政機關負擔這樣一種責任，即在進入行政訴訟程序之前，作出具體行政行為時，就應當具有事實根據和法律根據，否則其所作出的具體行政行為就是違法的，將會被法院撤銷。這一要求有利于行政機關認真行使自己的權力，嚴格執法，做到依法行政。
雖然行政訴訟中被告對具體行政行為承擔舉證責任，但不排除在特定情況下由原告提供證據的可能。根據《行政證據規定》，行政訴訟中原告提供證據僅限于下列情形：
1.公民、法人或者其他組織向人民法院起訴時，應當提供其符合起訴條件的相應的證據材料。公民、法人或者其他組織向法院提起訴訟，必須具備一定的條件，只有符合法定條件的起訴，人民法院才會立案受理。因此，為保證人民法院正確受理案件，起訴人應當向法院提供證明他的起訴符合法定起訴條件的相應證據。不過，就起訴期限問題，如果被告認為原告起訴超過法定期限的，則應由被告承擔舉證責任。
2.在起訴被告不作為的案件中，原告應當提供其在行政程序中曾經提出申請的證據材料。被告不作為案件大多是依申請行政行為引起的行政爭議，此種行政行為的作出須以公民、法人或者其他組織提出申請為前提，沒有申請人申請，行政機關不得從事該行為。因此，對依申請的行政行為，既然原告起訴被告不作為，他就應當提供證據證明自己在行政程序中曾經向行政機關提出過申請，否則其要求被告履行法定職責就失去了基礎。不過，只要原告證明其提出過申請，被告就應當證明其不作為符合法律規定。值得注意的是，起訴被告不作為的案件中，由原告提供證據的情形僅限于依申請行政行為，如果行政機關法定職責的履行不以原告申請為前提，而是被告行政機關必須依職權主動履行的，如警察看到正在遭受不法侵害的公民，不依職權進行保護，即屬此情形。同時，為避免實踐中由于行政機關申請登記制度不健全，致使申請人在確實已提出申請，卻因行政機關的原因而無法證明曾提出申請的現象，法律規定原告因被告受理申請的登記制度不完備等正當事由不能提供相關證據材料并能夠作出合理說明的，可以免除原告對提出申請事實提供證據的要求。
3.在行政賠償訴訟中，原告應當對被訴具體行政行為造成損害的事實提供證據。在行政賠償訴訟中，原告因被訴具體行政行為遭受損害，是原告主張被告給予自己行政賠償的基本前提，原告的這一主張與被訴具體行政行為的合法性沒有必然關聯，由原告提供證據更為恰當。
最高人民法院頒布的《行訴法解釋》，除規定原告在上述三種情況下需要承擔舉證責任外，還規定對“其他應當由原告承擔舉證責任的事項”原告也要承擔舉證責任。鑒于這一規定過于含糊，且不符合行政訴訟法關于舉證責任分配的基本精神，2002年由最高人民法院制定的《行政證據規定》排除了這一情形，將原告提供證據的要求嚴格限定在上述三種情形之內。
